众所周知，学园都市的位LV没几个是正常人
第一位“矢量操作”一方通行是脑残，第二位“未元物质”桓根帝督狂到没朋友，第四位“麦野沈利”是个更年期大婶，整天犯暴脾气。第五位整天想着操控别人，第六位和第位玛德从头到尾就没见到个人影。至于老七削板军霸，妥妥的是个中二笨蛋，也就第三位御坂美琴的性格正常一点……
在这座以高科技作为话题的学园都市当中，能力者的话题永远不会过时，而站在能力者顶端的位超能力者，更是学园都市永远的中心。
除了第三位超电磁炮“御坂美琴”生活在学园都市的阳光下，其余的超能力者，都曾涉及过学园都市的黑暗一面，对这座表面光鲜亮丽的城市另一面有着深深的了解。
御坂美琴是一个天真烂漫的女孩，她始终快乐和自由自在的生活在学园都市的阳光一面，从未意识到过学园都市的黑暗一面的存在。殊不知，至少学园都市高层默许的两项血腥实验计划都与她息息相关。
年幼时的御坂美琴，曾为了治疗肌肉萎缩症而向宣称以治疗肌肉萎缩为目的的樋口制药·第七药学研究中心提供了a图谱。于是，美琴的a情报，被正式登陆于学园都市书库中。
（御坂零号因此而产生，并有了后来的一系列事件。所以，食蜂操祈对美琴没什么好感，认为正是她没有保护好她的a图谱，才导致了后来悲剧的发生）
学园都市中，有着一个“超电磁炮的a被用来制造军事用途的复制人”的都市传闻，但是由于围绕着美琴打转的荒谬谣言多到数不清，所以美琴并没有把这个谣言当真，但她的心中不免还有一定的疑惑，于是在好友“守护神”初春饰利的帮助下，结合自己的电磁能力，她们入侵了学园都市的“书库”，震惊的得知了“超能力者量产计划”的存在。
同时，美琴想起来了年幼时曾经在医院捐献过a图谱的事情。于是，美琴以此为契机，打算潜入到樋口制药·第七药学研究所调查“量产型能力者计划”，却得知，这个研究所就是前几天新闻上报道过的，遭到了恐怖袭击的地点，相关的负责人全都死了！
这下可好，唯一的线索都断了，袭击者的身份不明，但是那个袭击者却毁灭了研究所的一切，“超能力者量产计划”肯定也没法开展了。
认为自己调查清楚真相后的美琴，心情放松了不少。可没过几天，她却又在公园中见到了自己的克隆体御坂号。在通过初春饰利翻译出了从克隆体处得到的密码后，美琴得知了另一项实验“绝对能力者进化计划”正在进行，并于一天深夜亲眼目睹了御坂号被一方通行杀戮的场景！
这时，美琴才真正的知道了，御坂妹妹们并没有被停止实验，只是被转移到了另一个更加血腥的实验中！
以非神之躯，领悟神之意志。是木原一族一直在竭力追求的，而超能力者量产计划，因为没有达到预期的效果，而成为了绝对能力者计划的铺垫。
超能力者量产计划失败了，克隆出来的结果，是两万个能力只有lv的御坂妹妹克隆体，但是很快，木原幻生又提出了绝对能力者进化计划，两万个御坂妹妹有了新的作用，就是作为实验品，供一方通行猎杀，让他达到真正的lv级别。”而这以上，就是绝对能力者进化计划和超能力者量产计划的所有内容了。
御坂美琴快要崩溃了，因为她的疏忽，没有保存好自己的a图谱，才导致了这一切，将近一万个御坂妹妹已经永远的死去了，她竟然还毫不知情，如果不是亲眼目睹了御坂号的死亡，她大概永远也不会知道吧
于是，御坂美琴为了拯救妹妹们，开始了一系列的救赎...