佐云与卡卡西
在第二次忍界大战中，因为两国交战的关系，出手斩杀了蝎的亲生父母，因此导致蝎从小内心发生扭曲，并且千代婆婆从此憎恨佐云，直到日后见到旗木卡卡西后误以为是旗木佐云而出手攻击[]。
打破规定
五年后在执行某件极密任务时，作为队长潜入敌方阵营的旗木佐云，被迫做出进退两难的决定：执行任务还是救同伴。根据规定，严禁放弃任务，而他却为了救同伴的命而放弃任务，村里的同伴因村子遭受损失而怪罪于他，最后连被他救出的同伴都开始指责他。旗木佐云身心受到伤害，最终自杀身亡。
再度登场
在佩因毁灭木叶的战役中，卡卡西主动现身，与佩因天道和修罗道进行厮杀，但最终不敌，为了让丁次将情报成功的转交给纲手，卡卡西耗尽全部的查克拉使出了最后一次神威，自此，卡卡西丧生，死后，灵魂遇到了佐云，并将他自己的故事说给佐云[4]。
听完卡卡西的故事后，佐云感叹卡卡西
再度相会的佐云父子二人
吃的苦很多，也和他一样都死得这么早，但卡卡西说他终于能够理解佐云为了大家而打破陈规的行为，并且卡卡西将佐云视作自己的骄傲，佐云非常感动[]。
长门被鸣人说服决定把未来交给鸣人后，使用外道·轮回天生之术将卡卡西和其他在木叶里被佩因杀死的人复活[]。佐云走之前，对卡卡西说了“谢谢”，最终，佐云的灵魂得到解放去见卡卡西的母亲[]。
角色关系
卡卡西是旗木佐云的儿子，以下内容是佐云与卡卡西的互动。
早期，卡卡西与佐云的互动刻画的非常少，唯一一处只有卡卡西目睹迈特·凯开启门遁甲之阵后所产生的回忆（漫画话），此时能够看出佐云对自己的儿子卡卡西期望非常大，展现出了一个好父亲该表现出的态度，并对还是忍者学校时期的卡卡西预言迈特·凯会成为卡卡西的劲敌。[]
中期，因佐云打破规定放弃了任务，遭到村中同伴的排挤，最终不得不自我了断。碰到这一幕的卡卡西受到打击，从此以后卡卡西无论做什么事情都会强行以规定为主，在波风皆人的带领下，卡卡西与带土、琳组成了一个班。但卡卡西性格依旧不变，并经常与同队的带土发生争执，之后四代目对带土讲述了卡卡西的父亲旗木佐云因为受到村中人们的诋毁而自杀的事，带土便放弃了继续与卡卡西争执。但好景不长，琳被岩隐之村的忍者抓住，此时，如果去救琳的话，任务将会中断，卡卡西毫不犹豫的要求继续执行任务，放弃救琳，但是带土却对卡卡西说“我认为白牙才是真正的英雄。”“虽然违背忍者世界规定的人会被成为废物，但是，连同伴都无视的人，是连废物都不如的”，此时的卡卡西产生了动摇，最终与带土一起去营救琳[]，期间，带土为救卡卡西而丧命（并没有真的丧命，后带土被斑救助，并有了更后续的剧情），死前将琳的生命托付给了卡卡西，并将写轮眼送给了卡卡西[]，自此，卡卡西有了很大的转变，明白了同伴的重要性，最终真正的理解了父亲佐云当初为什么为了同伴而放弃任务的做法。[]
卡卡西死后，灵魂重新碰到了佐云，并对佐云讲述了自己的一生。（漫画4话）佐云感慨卡卡西受的苦比自己更多，但卡卡西最终亲口对佐云讲出自己理解佐云的做法，并且为佐云感到骄傲，至此，佐云内心得到解放，便于卡卡西进行了令人感动的告别
。