饲育屋由饲育家进行管理，和训练家，神奇宝贝商店为合作关系。
因为不是所有训练家的神奇宝贝都能够寄存在地区博士手中，大量普通训练家寄存神奇宝贝的地方为饲育屋，每年支付一定费用，饲育屋将会为训练家代为保管神奇宝贝，饲育家也需要训练家的神奇宝贝，提升自己的饲育能力。
当联盟在偷猎者手中缴获受到心理创伤或者是生理创伤的时候，也会送到饲育屋进行恢复，能够在野外生存下去的神奇宝贝将会放生，而没办法继续在野外生存的神奇宝贝，则会放到神奇宝贝商店低价出售，以求那些神奇宝贝能够生存下去。
在某些时候，依旧会有残疾的神奇宝贝想要回到野外环境，或者是心理受到创伤，在饲育屋期间习惯了人类社会，不愿意回归野外的神奇宝贝。
道馆或者是某些训练家学院，也会有自己的专属饲育屋，为的就是给从道馆或者是学院中走出去的训练家提供放置多余的神奇宝贝的地方，以及为他们提供初始神奇宝贝（售卖）。
商店的神奇宝贝，由饲育屋提供，乔伊和君莎共同监管，保障神奇宝贝不会被二次售卖，或者被购买后被虐待。
饲育屋的蛋完全由饲育屋掌控，不一定会给你，因为可能会出现A的神奇宝贝和B的神奇宝贝相恋而生蛋，这些蛋通常会经过同意后售卖出去，收益为4：4：，如果孵化后，神奇宝贝对父亲或者母亲一方更加亲密，则会送还给训练家。
神奇宝贝商店是用来出售神奇宝贝的地方，是经过联盟认证之后，才能够经营，没有经过联盟认证而出售神奇宝贝，是非法行为。
大部分神奇宝贝的售价并不高，但想要培育的话，则需要花费大量金钱，没有经过培育和锻炼的神奇宝贝破坏力有限，所以经常能够看到作为宠物和工人的神奇宝贝。
神奇宝贝商店的货源来于饲育屋，或者是训练家捕捉后进行寄售，在遇到寄售的神奇宝贝时，商店会将神奇宝贝先送到饲育屋进行安抚。
黑市
黑市大多都是偷猎者出售神奇宝贝的地方，如果偷猎者有渠道，也会将神奇宝贝打包出售给一些势力，但大部分，还是在黑市进行寄售。
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