晋成帝时，外戚庾亮当权。
庾亮想振作帝室，排斥王导，疑忌上游重镇荆州刺史陶侃，任意杀逐大臣，引起各势力间的不安。
公元年，野心家历阳（安徽和县）镇将苏峻、寿春（后改称寿阳，安徽寿县）镇将祖约以杀庾亮为名，率叛军攻入建康。
幸得陶侃、温峤起兵救援，年，击破苏峻祖约军。王导又执政，东晋朝又算危而复安。
庾氏势力不得专擅朝政，转移到上游，宣称以北伐中原为己任，企图建立起自己的根基。
庾亮庾翼兄弟相继镇守武昌，占有了东晋朝重要领土的一半。
公元4年，庾翼临死，让他的儿子继任，开藩镇世袭的恶例。
东晋朝廷不允许他的要求，是合理的，但用桓温去驱逐庾氏势力，东晋朝又出现篡夺事件。
桓温是当时最有才干的野心家。
桓温他做了荆州刺史以后，积极对外发展。
公元4年，桓温灭成汉国，收复蜀地，威名大振。
东晋朝廷疑惧，引用虚名甚大的清谈家殷浩参与朝政，专和桓温作对。
桓温伐前秦伐前燕，都遭致失败，损害了他的实力和威望，在王谢两大族抵制下，桓温篡夺的野心未能实现。
当东晋在江南建国的同时，中国的北方则陷入分裂混战，黄河流域成为匈奴、羯、鲜卑、氐、羌等五个主要少数民族和汉族争杀的战场，并分别建立了自己的国家，相互争霸，不断有国家成立和灭亡。
从永兴元年（4年）匈奴贵族刘渊建立汉国，建兴四年（年）灭掉西晋，到北魏太延五年（4年）鲜卑拓跋部统一北方，这多年里北方各民族相互争战，先后建立了前赵（匈奴）、后赵（羯）、前燕（鲜卑）、前凉（汉）、前秦（氐）、后秦（羌）、后燕（鲜卑）、西秦（鲜卑）、后凉（氐）、南凉（鲜卑）、西凉（汉）、北凉（卢水胡）、南燕（鲜卑）、北燕（汉）、夏（匈奴）等十五个政权，连同西南巴氐族建立的成汉，共十六国，和东晋汉族政权长期对峙，史称五胡十六国，这些都是后话。
除十六国之外，还有汉人冉闵建立的魏、丁灵翟氏建立的魏、武都氐帅杨氏建立的仇池国、鲜卑慕容氏建立的西燕、鲜卑拓跋氏建立的代五个政权，总计先后建立了个政权。
上述政权中，后赵、前燕、前秦都曾占据过北方的大部分疆域。
东晋虽然偏安于江南，但在历代帝王在位的时候都希望收复北方的国土。从北方南迁的人民时常怀念家乡，因此一些有志之士多次进行北伐。
其中以王、谢、桓、庾四大家族为主的门阀对北伐采取了不同的态度，由于世族已安居江南，南方丰富的资产使得重返北方的意愿不高。
在东晋时曾进行过多次北伐，在其中也不乏名将的指挥。
东晋初期，朝廷采取以攻为守态度抵御北方。
公元年祖逖意图北伐，晋元帝只有给予少量军队，命他相机进取。
祖逖他招募流民建立军队，并与当地坞堡合作，最后成功收复黄河以南领土，与石勒隔河相持。
但由于东晋发生内乱，朝廷又担心他威望太高，于年派戴渊为总督节制，以致收复河北的计划无疾而终，祖逖忧愤而死，失地得而复失。
王敦因为祖逖去世而不必顾虑，之后遂叛变。
祖逖军由其弟祖约率之，最后也随苏峻叛变。
晋成帝时则由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他们以荆州为中心，意图发动北伐。但是因为朝廷抵制，所以没有实现。
庾氏兄弟相继去世后，荆州刺史由桓温担任。他向往刘琨、陶侃事迹，以北伐为务。
4年晋穆帝时，桓温讨伐成汉（成汉于年为李寿篡位，改国号为汉），次年讨灭。桓温声威大震，世族忌妒之，执政司马昱引殷浩抗衡之。
4年石虎死，晋廷派褚裒北伐，失败。桓温多次希望北伐，晋廷不许，改以殷浩负责北伐。
年殷浩联合羌将姚襄北伐前秦，被苻健击败。次年殷浩再度北伐，为姚襄所袭。
4年晋廷只好将桓温换上，由他掌握北伐大权。桓温先后发动三次北伐，同年月伐前秦，但由于苻健采坚壁清野战术并打败晋军，最后桓温缺粮而撤退。
年，桓温讨伐河南姚襄，击溃之并收复洛阳，修谒皇陵。
年他建议迁都洛阳，但遭到世族反对做罢。
等到晋哀帝及晋废帝（即司马奕）相继为帝之后，桓温已经控制朝廷。
当时北方呈现前秦前燕两强局势，洛阳为前燕占领。
桓温为了准备篡位，于年讨伐前燕。
当时燕军大败，晋军进驻枋头（今浚县附近）与燕将慕容垂对峙。
最后晋军缺粮而退，慕容垂率军追杀，晋军大败。
年桓温废晋帝司马奕为东海王，改立司马昱为简文帝。
隔年简文帝去世，晋孝武帝继位，年桓温要求“九锡”，有代晋之意。
大臣谢安、王坦之拖延该事，不久桓温病死，东晋得以保存。
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