在这颗表面被71%海水覆盖的蓝海星上，人类从碧蓝色的波涛中诞生、成长，并在这片广袤的海洋上孕育出属于自己的文明。
海洋，曾是他们的摇篮，也是他们的战场。从最初的独木舟到钢铁巨舰，人类用智慧与勇气征服了波涛，建立了辉煌的海上帝国。可是，伴随着文明的进步，野心与欲望也在不断膨胀。表面风平浪静的世界格局之下，历史的暗流始终涌动。各大阵营为了争夺资源与霸权，展开了无数次明争暗斗，海洋成为了他们角力的舞台。
然而，就在战争的终焉，未知的敌人突然从海洋深处崛起。它们如同从深渊中爬出的噩梦，拥有超越人类理解的科技与力量。面对这股压倒性的威胁，各个阵营却仍然各自为战，试图以自己的力量抵御敌人。
最终，人类付出了惨痛的代价——失去了90%以上的海域控制权，科技与生活水平急速倒退。曾经繁华的港口化为废墟，曾经骄傲的舰队沉入海底。人类对海洋以及那些未知的敌人产生了深深的恐惧，并将那些将他们拖入深海黑暗中的怪物称为“塞壬”。
直到此时，各大阵营终于意识到，唯有联合起来，才能夺回曾经的辉煌。于是他们摒弃前嫌，联合创建了海上军事组织——“碧蓝航线”。其宗旨在于：集结并共享来自世界各大阵营的科技与资源，建造出能够与“塞壬”抗衡的新锐舰队，夺回海域的控制权。这是一场关乎人类存亡的战争，也是一场跨越百年的抗争。
为了能对抗“塞壬”，人们想要深入了解“塞壬”的力量来源。科学家们将“塞壬”所使用的黑色能量方石进行研究，可是一开始无论怎么研究都无法解析其中的能量。
然而一次试验中的意外，却使科学家们发现将战舰数据载入“黑色方石”后，竟然诞生出能使用战舰力量的“舰装生命体”，这才使“黑色方石”的研究得到了重大突破。
实验中，由于几乎所有“舰装生命体”的外貌特征都与人类女性相似，于是这些生命体也被研究者们称为“舰船少女”。
科学家们经过更为深入的研究，发现战舰对应的“舰船少女”，在“同一时间”和“同一空间”中具有唯一性，不可能会同时出现两个一模一样的情况。这就使科学家们认为“黑色方石”的能量来源更为神秘。
在对“塞壬”的研究之初，科学家们就知道“黑色方石”拥有强大的能量，但是这种能量对人们来说根本无法控制，不少科学家为了使“黑色方石”制造出更为强力的“舰船少女”，已经付出了极为惨痛的代价。最后，科学家们根据“黑色方石”的结构制造了名为“心智魔方”的复制品，这才得以将这份力量纳为己用。
“舰船少女”们通过控制从诞生时就一起出现的舰装，使用“出击”和“展开”指令，可以在“舰装”和“战舰”两种模式中相互切换，以适应不同的战场需要。
虽然人们找到了控制“黑色方石”能量的方法，但是“心智魔方”的能量并不稳定，只有“黑色方石”的十分之一甚至几十分之一，导致“舰船少女”们的实力参差不齐，而且并不能完全发挥自己舰装的力量，但是可以借由与“特定的人”产生共鸣，以获得能量增幅，才能使“舰船少女”完全使用舰装的力量，而这些特定的人则被称为“心智适格者”。
“心智适格者”是如何产生的，至今都没有准确的定论，从相似性上来看“心智适格者”也几乎没有共同点，似乎是随机产生的，这让那些“心智魔方”的研究者们很是头痛。
好在，来自海洋的威胁也促使越来越多的人积极的投身到对大海的守护之中，通过“心智魔方”筛选出的“心智适格者”们被指派到各个港区担任舰队指挥官，与“舰船少女”们共同成长。
在那之后又经过几十年的漫长岁月，碧蓝航线付出了极大的代价后，终于战胜了“塞壬”，结束了这场悲惨的战争。没人知道“塞壬”从何而来，也没人知道“塞壬”去往何处，世界就如此归于了平静，海洋重新回归人类的怀抱。
就当所有人认为，和平将会一直持续下去时，战争却从未停止。如同人类曾经争夺海洋霸权一般，由于理念上的差异，原本携手并进的四大阵营逐渐分裂：以“白鹰”和“皇家”为主的势力依然在“碧蓝航线”，而以“铁血”和“重樱”为主的势力则组成了“赤色中轴”。两大阵营的对立，让世界再次陷入紧张的氛围中。
时光流逝，如今碧蓝航线即将举办成立一百周年的庆典。曾经的敌人“塞壬”似乎已被遗忘，但海洋的深处是否真的恢复了平静？历史的暗流是否仍在涌动？没有人知道答案。
唯一可以肯定的是，碧蓝航线的指挥官和舰船少女们依然守护着这片碧蓝色的大海，而新的故事，也即将在这片波涛中展开。