地下室的房间里，灰原哀（凛）沉浸在她惊人的科学发现中，而在房间之外，柯南的目光也从未离开过这个充满谜团的“妹妹”。
自从那份水准极高的匿名技术报告出现后，柯南对凛（灰原哀）的怀疑就提升到了顶点。他几乎可以肯定，这个女孩与组织、与APTX4869有着千丝万缕的联系，甚至她本人就是关键。
因此，他利用一切机会，通过阿笠博士家的监控设备（现在可能更加隐蔽和先进了），仔细观察着凛的一举一动。
他看到，凛大部分时间都表现得像一个普通的、内向的小女孩——安静地看书（虽然看的书越来越专业）、画画（画的内容依旧晦涩难懂）、或者只是坐在角落里发呆。
但是，一旦她接触到那些新送来的实验器材，或者使用电脑查阅那些高深的医学、化学资料时，她整个人散发出的气质就会瞬间改变！
那种专注的神情、熟练规范的操作手法（即使只是摆弄烧杯试管）、以及在屏幕前快速阅读和处理复杂信息时眼中闪烁的智慧光芒……这一切的一切，都与她那瘦小的、看似只有七八岁的身体形成了巨大的反差！
柯南的心中充满了疑惑和某种…近乎恐惧的猜测。这种反差太强烈了，强烈到让他不得不去思考那个最不可能，却又似乎最合理的解释——返老还童！
难道…她和自己一样，也是吃了某种药物导致身体变小的？！而那种药物，难道就是…APTX4869？！如果她是药物的受害者，那她之前的身份会是…组织的研究员？甚至…是开发者本人？！
这个想法让柯南不寒而栗！如果这是真的，那么他身边就隐藏着一个掌握着组织核心机密的、极其危险的人物！而那个霧島零，就是她的保护者？
为了验证自己的猜测，柯南决定再次进行试探。但他知道，直接的言语试探效果不佳，反而可能打草惊蛇。他需要更巧妙的方式。
他请求阿笠博士“配合”他的计划。
一天，博士在给凛送去一些新的“研究耗材”（可能是柯南特意准备的，包含某些特定化学符号或试剂名称标签的空瓶子）时，装作不经意地提起：
“说起来啊，凛酱，柯南那孩子最近好像在看一些关于…嗯…基因工程和细胞再生的科普书呢，还问了我好多奇奇怪怪的问题，比如人能不能变年轻什么的…现在的孩子真是想象力丰富啊，哈哈哈…”
博士一边说着，一边偷偷观察着凛的反应。
灰原哀（凛）正在检查那些新送来的“耗材”，听到博士的话，特别是“基因工程”、“细胞再生”、“人能不能变年轻”这些关键词时，她的手指猛地一顿！
尽管她极力控制，但柯南（如果通过监控看到了这一幕）还是捕捉到了她脸上那一闪而逝的、极其复杂的情绪——惊讶、警惕、痛苦、还有一丝难以言喻的悲哀！
虽然她很快就低下头，继续检查物品，没有说一句话，但那瞬间的反应，已经足够让柯南心中的猜测再次加深！
这个女孩，绝对有问题！她对这些话题的反应太不正常了！
柯南感到自己距离真相越来越近，但同时也感到一种莫名的寒意。如果凛真的是雪莉，那她所背负的秘密和危险，将远超他的想象。而那个霧島零，将她藏匿在这里，又到底是为了什么？仅仅是保护她？还是…另有所图？
“妹妹”之谜，变得越来越清晰，也越来越危险。柯南知道，他必须尽快找到确凿的证据，或者…找到一个能与她（或零）进行真正“摊牌”的机会。