然而，就在鸣人潜心修行，木叶村享受着短暂和平之际，一股更为强大的阴影，已经悄然笼罩了整个忍者世界。
一个名为“晓”的神秘组织，开始大规模地行动起来。
光幕展现了这个组织的冰山一角：成员们都穿着绣有红云图案的黑色风衣，头戴系有风铃的斗笠，身份神秘，实力恐怖。
画面中出现了几个“晓”组织成员的身影及其诡异的能力：
那个痴迷于“瞬间艺术”，将黏土变成爆炸物的金发叛忍——迪达拉；
那个将自己改造成人傀儡，擅长使用剧毒和机关的红发傀儡师——蝎；
还有那不死的二人组，拥有诡异能力的角都和飞段……
他们以两人一组的形式，在世界各地捕捉拥有强大查克拉的“尾兽”（被封印在人柱力体内的巨大魔兽集合体）。他们的行动高效而冷酷，所过之处，往往掀起腥风血雨。
火影世界。
木叶村的众人，看到“晓”组织的身影出现在光幕上，都感到一股寒意。他们知道，这个组织的成员，每一个都是影级甚至超影级的叛忍，是极其危险的存在！
自来也和纲手的脸色变得无比凝重。他们一直在暗中调查“晓”组织，深知其恐怖的实力和背后可能隐藏的巨大阴谋。
我爱罗等曾经被“晓”捕捉过的人柱力，更是心有余悸。
其他世界的观众，也被这个神秘而强大的“晓”组织所吸引。
“这个‘晓’组织是什么来头？成员看起来都好强！”
“捕捉尾兽？是为了制造武器吗？”
“那个玩爆炸的和玩傀儡的，能力好诡异！”
“感觉这个组织会是最终BOSS啊！”
观众们意识到，新的、更强大的敌人已经登场。忍者世界的风云，再起！
而鸣人，作为体内封印着最强尾兽“九尾”的人柱力，注定会成为“晓”组织的首要目标之一。
三年修行归来，等待他的，将是更加严峻的挑战。
暴风雨，终究还是来临了。
而且是以一种毁灭性的姿态，降临在木叶忍者村！
“晓”组织的首领，拥有轮回眼的神秘存在——佩恩，率领着由六具尸体组成的“佩恩六道”，悍然入侵木叶！
光幕用极具冲击力的画面，展现了这场木叶建立以来，所遭遇的最为惨烈的浩劫！
佩恩六道，每一个都拥有独特而强大的能力：
天道佩恩，操纵引力斥力，一招“神罗天征”，顷刻间便将繁华的木叶村夷为平地！巨大的冲击波扩散开来，无数建筑化为齑粉，忍者和平民死伤惨重！
人间道佩恩，能够抽取灵魂，无数忍者在惊恐中失去生命。
修罗道佩恩，全身都是兵器，如同战争机器，疯狂破坏。
畜生道佩恩，召唤出各种强大的通灵兽，肆虐村庄。
饿鬼道佩恩，能够吸收一切忍术。
地狱道佩恩，能够召唤阎王，进行审判和复活。
六道齐出，配合默契，力量恐怖，几乎无人能挡！
卡卡西老师拼尽全力，重创天道，最终力竭而亡（后被复活）。
静音等精英忍者，在试图破解佩恩秘密时，惨遭毒手。