就在青学网球部因为手冢国光的“奇迹”恢复而士气大振，最终成功逆转比赛，赢得胜利的同时，东京都米花町的帝丹小学，也正在上演着另一场“惊心动魄”的追逐战。
少年侦探团的四个小鬼头——戴着眼镜、看起来比同龄人成熟许多的江户川柯南（其真实身份是高中生侦探工藤新一），身材魁梧、食量惊人的小岛元太，知识渊博、喜欢推理的圆谷光彦，以及天真可爱、善良勇敢的吉田步美——又一次因为他们那旺盛到令人头疼的好奇心，惹上了不大不小的麻烦。
他们今天在放学路上，偶然发现了一个穿着黑色风衣、戴着墨镜和口罩、行踪看起来“非常可疑”的男子。
本着“侦探的直觉”（主要是柯南的直觉，以及其他三个小鬼头的盲目跟风），他们决定，要好好地追踪一下这个“可疑人物”，看看他到底想做什么坏事！
于是，一场充满了童趣（和危险）的追踪行动，就此展开。
他们一路尾随，翻墙爬树，躲躲藏藏，自以为神不知鬼不觉。
结果，他们竟然发现，这个所谓的“可疑人物”，竟然真的是一个穷凶极恶的危险分子！
他是一名在国际上都挂了号的职业炸弹犯！代号“水银针”！
而且，他这次潜入东都的目的，竟然是要炸毁这座城市的标志性建筑——东都铁塔！
当少年侦探团的四个小鬼头，气喘吁吁地追踪到东都铁塔的某个隐蔽角落，看到那个炸弹犯正熟练地安装着一个看起来就威力巨大的定时炸弹时，他们的小脸，都吓得惨白！
“怎怎么办？柯南君？”步美拉着柯南的衣角，声音都有些颤抖了。
元太和光彦，也都是一脸的惊恐和不知所措。
柯南的额头上，也渗出了一层细密的冷汗。
他也没想到，这次竟然会遇到这么棘手的家伙！
炸弹！还是安装在东都铁塔这种人流密集的地方！
一旦爆炸，后果不堪设想！
“别慌！”柯南强作镇定，压低了声音说道，“我们必须想办法阻止他！并且通知警方！”
然而，就在他准备用手表型麻醉枪偷袭那个炸弹犯的时候，意外，发生了。
那个炸弹犯，似乎察觉到了什么，猛地转过头，目光如同毒蛇般，锁定了他们藏身的位置！
“嘿嘿嘿没想到，竟然有几只小老鼠，跟了我一路啊。”
炸弹犯发出一阵阴冷的笑声，从怀中掏出了一把手枪！
“不好！被发现了！”柯南心中一紧，立刻拉着其他三个小鬼头，转身就跑！
“想跑？没那么容易！”炸弹犯狞笑一声，举起手枪，就要射击！
就在这千钧一发之际，秦峰，恰好因为“心血来潮，想看看高处的风景”，而慢悠悠地走进了东都铁塔的观光层。
他刚一踏出电梯，就听到了不远处传来一阵骚动，以及一个男人嚣张而刺耳的叫喊声。
“都别动！谁敢乱动，我就引爆炸弹！让你们所有人都给我陪葬！哈哈哈哈！”
秦峰微微皱了皱眉。
他只是想安安静静地欣赏一下风景而已，怎么又遇到这种吵吵闹闹的家伙？
他顺着声音传来的方向望去，便看到一个穿着黑色风衣的男子，正一手拿着手枪，一手拿着一个遥控器，得意洋洋地对着周围那些惊恐万状的游客和工作人员，发表着各种反社会的言论。
在他的脚下，还放着一个看起来就威力不小的定时炸弹，上面鲜红的倒计时数字，正在飞快地跳动着！
“真是聒噪啊。”
秦峰轻轻地叹了口气。