北京城的收复，并非战争的终结，而是一个全新时代的艰难开端。朱慈烺深知，马上得天下，岂能马上治之？光复神京的狂喜之后，是千头万绪、百废待兴的庞大帝国需要他去重整。
入主紫禁城的朱慈烺，第一时间并非沉迷于帝王威仪，而是连发数道震撼天下的旨意，定下了新朝的基调。
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《定鼎诏》：?宣告大明光复，改元“洪武”，意寓继承太祖朱元璋开国伟业，开创中兴盛世。大赦天下，但附条件：凡投清奸佞、罪大恶极者不赦；普通降官、士卒、百姓，只要诚心归顺，一律既往不咎。
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《恤民诏》：?宣布免除北直隶、山东、河南等饱受战乱地区三年赋税徭役。从南方调运大量粮食、种子、农具，分发百姓，助其恢复生产。严令军队不得扰民，违令者斩。
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《论功诏》：?对北伐以来所有有功将士、官员、乃至地方义士进行封赏，规模空前。史可法进爵国公，加太师，主持北方军政善后。王侃封世袭罔替镇国公，执掌京营戎政，负责新都防务及整编降军。李定国封延安郡王（异姓王，殊荣至极），镇守中原。唐王朱聿键封楚王，赐丹书铁券，总督湖广江西，坐镇南方。其余文武，各有升赏，极大凝聚了人心。
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《招贤诏》：?宣布将尽快恢复科举，但明确强调将加大“策论”和“算学”比重。同时，令各地官员举荐贤才，不限出身，唯才是举，尤其注重推荐精通实务、工巧、算数、农事者。
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然而，挑战接踵而至。
北方历经战乱和清廷统治，民生凋敝至极，流民遍地，盗匪蜂起。
残留的清军势力退守关外，辽东、山西、陕西等地仍有反复，蒙古各部态度暧昧。
庞大的军队需要安置和赏赐，财政压力巨大。
原清廷治下的庞大官僚系统需要甄别、清理、改造，否则新政根本无法推行。
南方与北方的经济差异、政策差异需要调和。
朱慈烺展现出了作为统治者的成熟和魄力。
他并未急于求成，而是采取了一系列稳健而有力的措施：
军事上：?采取“精兵戍边，屯田养兵”之策。精选精锐，整编为“国防军”，由王侃统率，驻守京师和边境要地，继续清剿残敌，防备关外。其余大部分军队，在给予优厚赏赐和土地后，转为“屯垦军”，于北方空旷之地实行军屯，既解决粮食问题，又安置了兵力，还为未来开发边疆打下基础。