赤红无奈，只好让妙蛙草打头阵，三人小心地沿着楼梯向下。
楼梯很长，通向一个明显是人工开凿的地下设施，这里的墙壁是金属的，有明亮的灯光和通风系统，与上面破败的景象截然不同。
地下设施很大，排列着许多实验室和观察室，大部分房间空着，但有些房间里还留着一些令人不安的装置，束缚椅、能量抽取器、甚至还有几个破碎的培养槽。
这里简直就是个秘密实验室。小霞厌恶地说。
随着他们深入，拉鲁拉斯越来越不安，那个声音...越来越近了...它在呼唤
在走廊尽头的一扇加固金属门前，赤红停了下来，能量波动和拉鲁拉斯感知到的痛苦情绪都来自门后。
门上有一个电子锁，但已经被破坏了，赤红轻轻推开门，里面的景象让三人都倒吸一口冷气。
房间中央是一个巨大的强化玻璃舱，里面关着一只宝可梦，它有着猫一样的身形，但尾巴很长，眼神中充满了痛苦和迷茫。
最令人震惊的是，它的身体不时在实体和半透明之间闪烁，仿佛无法稳定自己的存在。
这是...什么宝可梦？小霞惊讶地问，我从未见过这样的宝可梦。
赤红也从未见过这种宝可梦，像超梦，但又不是超梦，突然，他想起了什么，只用自己一个人能听到的声音低声说，这可能是...火箭队实验的克隆体的失败品。
仿佛听到赤红的话，那只宝可梦突然抬起头，眼中闪过一丝惊讶，然后通过心灵感应直接与赤红对话，你...知道我是谁？
赤红走近玻璃舱，平静地回答，我猜你是火箭队放弃的试验品，对吗？
宝可梦的眼中闪过痛苦，我是失败品...不完整的存在...他们称我为幻影。
碧蓝和小霞看着赤红靠近那个未知生物，便也靠了过去。
通过幻影的叙述，三人得知了令人心碎的真相，它是火箭队早期尝试克隆梦幻时创造的宝可梦之一，但由于技术不成熟，它的存在不稳定，无法长时间维持实体形态。
火箭队认为它是失败品，将它遗弃在这里自生自灭。
他们已经几个月没来了。幻影的声音充满孤独，我以为我会就这样消失...
太过分了！小霞愤怒地说，怎么可以这样对待宝可梦！就算是实验也是有生命的！
碧蓝已经开始研究门锁，这个玻璃舱有独立的能源系统，如果能找到控制室，也许能放它出来。
就在这时，走廊外传来脚步声和说话声，赤红立即示意大家躲到房间的阴影处。
几个穿着火箭队制服的人走进房间，为首的是一名戴着眼镜的研究员。
确认实验体幻影的状态。研究员冷漠地命令手下。
一个队员查看控制面板，能量水平持续下降，存在稳定性低于10%，预计最多还能维持72小时。
研究员毫无感情地记录着，可惜了，如果不是存在缺陷，它的能力数据其实很有研究价值，按照计划，48小时后启动自毁程序，销毁所有证据。
小霞差点惊叫出声，碧蓝赶紧捂住她的嘴，赤拳头紧握，眼中十分的愤怒。
火箭队人员记录完数据后就离开了，完全没有注意到阴影中的赤红三人。
等他们走远，碧蓝立刻说，我们必须救它出来！
赤红点头，但需要计划，硬闯可能会触发自毁程序。
就在这时，幻影通过心灵感应说，控制室在走廊右转第三个房间，但我感知到那里有两个守卫。
碧蓝眼睛一转，有了主意，我和小霞去制造动静引开守卫，赤红你去控制室释放幻影。
计划制定后，碧蓝和小霞悄悄来到控制室附近，碧蓝放出勇基拉，用幻象光制造幻觉，让守卫以为有宝可梦从通风管逃出来了。
勇基拉的幻象光成功制造了骚动，两名守卫被引开，赤红趁机潜入控制室，在幻影的指导下找到了释放按钮。
但就在他准备按下按钮时，警报突然响起！原来幻影的释放需要高级权限，非法操作触发了安全系统！
糟糕！赤红立即通过图鉴联系碧蓝和小霞，计划有变，强攻！
三人汇合到关押幻影的房间外，此时大批火箭队守卫已经赶到，为首的正是刚才那个研究员。
入侵者！抓住他们！研究员怒吼。
激烈的战斗爆发！
赤红的火恐龙和皮卡丘，小霞的角金鱼和海星星，碧蓝的勇基拉和伊布，与火箭队的超音蝠、阿柏怪、大嘴蝠展开混战。