到了南北朝，西域周边崛起了柔然、嚈哒、高车、突厥、吐谷浑等强大的帝国，西域争夺战也就此爆发。
在鄯善、于阗、疏勒、龟兹、焉耆、高昌相继灭亡后，剩下的五个国家进入了激烈的对抗阶段。每当一个国家的军队遇到另一个国家的军队时，双方立即展开厮杀，根本不在乎对方的来路或去向。
在这个时期，西域真正进入了互相拼杀、血战到底的局面，彼此之间毫无结盟的可能。
在相对狭小的区域内，战场频频拉开。各国凭借实力展开对抗，若无力再战便暂时休整。与之前的联盟作战相比，这时候的战争更加激烈也更加混乱。
首先是柔然，它在西域的控制也没有持续多少年。漠北的高车副伏罗部发动叛乱，并西迁到天山一带建立了高车汗国。高车也就是铁勒，是丁零的后裔，长期受到匈奴、柔然的奴役。当高车在西域建国后，柔然对西域的控制就崩溃了。
柔然和高车在阿尔泰山一带持续僵持了50多年，双方互有胜负。高车强盛之时可以控制高昌、车师、焉耆、鄯善等地，衰落时期也可以以天山为牧场和柔然对峙。
在高车和柔然在阿尔泰山一带不断交战时，中亚的嚈哒帝国崛起。嚈哒[yàndā]帝国，东罗马人称为“白匈奴”。该国的族群属性尚不清楚，大体上来说是阿尔泰民族与印欧塞种民族融合而成。
嚈哒民族早期活动在塞北，受柔然奴役。后来，嚈哒西迁到了中亚，攻占了巴克特里亚的大月氏民族，建立了一个“南至牒罗，北尽铁勒，东被于闻，西及波斯，四十余国苦来朝贡”的大帝国。
嚈哒帝国击败波斯萨珊军队，又在赫拉特战役中击杀波斯王俾路支一世，占领了呼罗珊地区，迫使波斯称臣纳贡。高车国建立后，柔然通往西域的交通被阻断，嚈哒于是趁机东进。
占据了疏勒、于阗、龟兹、焉耆等地，大半个塔里木盆地已经沦陷。而高车则处于柔然和嚈哒之间，形势十分危急。
阿那瑰可汗叛逃大漠，重建了柔然汗国，并不断进攻六镇。
柔然重建后，则立即统一漠北，并对高车国发动了持续不断地进攻。柔然攻入高车，高车国王被杀。第二年，高车国灭亡，从此柔然又称霸了漠北。
突厥的崛起绝对是亚欧大陆史上的重大历史事件。突厥是从漠北辗转迁徙到阿尔泰山的游牧民族，其王族为阿史那氏，他们在迁徙的过程中学会了冶铁。柔然后期，阿史那氏依附于柔然，并高车作战，并为柔然冶铁。
阿史那土门兼并了5万多帐的高车部落，于是突厥变得变大起来。突厥的语言、信仰、风俗和铁勒（高车）如出一辙，其主要的原因就是突厥的部落大部分都是过去的高车部落。
羽翼丰满的阿史那土门东征柔然，柔然战败，突厥因此占领了漠北。这一年，土门称汗，标志着突厥汗国正式建立。随后，突厥又进攻柔然，完全统治了大漠地区。
突厥崛起后，同样将扩张的首要目标对准了西域。木杆可汗进攻吐谷浑，加速了吐谷浑的衰落。
此时，突厥西征的就必须要面对那个强大的敌人——嚈哒帝国。突厥和嚈哒的战争起源于“阿瓦尔人”，他们被击败后，逃到了嚈哒境内。当突厥追来，就和嚈哒发生了冲突。
突厥控制西域后，也就控制了丝绸之路。可是波斯和突厥在贸易上发生了纠纷，为两国关系埋下了阴影。突厥西部可汗室点密派遣使者到波斯谈判，结果使者全部被波斯毒死。事情发生后，突厥立即对波斯发动了战争，其结果是波斯惨败，呼罗珊地区就被突厥占据了。
在不断追击“阿瓦尔人”的过程中，突厥的军队到达了黑海沿岸，接触到了东罗马。为了对付波斯帝国，突厥和东罗马开始结盟。两国开始进攻波斯。经过此战，波斯萨珊王朝衰落，这给后来阿拉伯帝国的崛起提供了条件。
吐谷浑是我国西北地区古代民族之一。吐谷浑部从辽东慕容鲜卑中分离出来，西迁到今甘肃临夏西北，不久又向南、向西发展，统治了今甘南、四川省西北部和青海等地的氐、羌等民族。
吐谷浑不仅再次控制新疆东南部，而且占据了西域通往内地的交通要道。大家知道，西域通往内地的道路首先经过河西走廊，但由于连年战争，这里往往“关缴不通”。南朝只有出四川西北，经青海，才能与西域和漠北的柔然交往。
所以，在南北朝时期，吐谷浑占据的青海作为丝绸之路的一条重要通道迅速繁荣起来。因为这一段交通要道地处黄河以南，又为吐谷浑所控制，故称“河南道”或“吐谷浑道”。由于“河南道”的兴盛，使占据该道的吐谷浑的地位日渐重要。
它不仅肩负起中西方政治、经济和文化交流的重任，而且自然控制了西域与内地的联系。使这一时期该地本来就错综复杂的关系，更加纷乱不清了。
西域的大混战标志着十六国纷争的最高峰。经过百年的激烈争斗，C国大地上几乎没有一块未被战火波及的净土。
生活在社会底层的民众饱受艰难困苦，他们渴望有英雄能够出现，将他们从无尽的苦难中解救出来。