稳定了军心之后，萧亮开始着手军事改革。他要在最短的时间内，把这支老弱残兵改造成一支能打硬仗的精锐部队。
首先是整顿军纪。萧亮制定了严格的军规，每天早上六点必须起床操练，偷懒者重罚；操练时必须全神贯注，敷衍了事者重罚；执行命令必须迅速，拖延者重罚。
刚开始的时候，有些士兵不服管教，觉得这个老头管得太严了。
有个叫张三的士兵，平时就爱偷奸耍滑。一天早上操练的时候，他趁教官不注意，躲到树后面偷懒。结果被萧亮亲眼看到了。
萧亮把张三叫过来，严肃地问：“你知道自己错在哪了吗？”
张三嘻嘻哈哈地说：“大人，小的就是累了，歇一会儿，没什么大不了的。”
萧亮脸色一沉：“你以为这只是偷懒这么简单吗？你知道吗？在战场上，你的一个疏忽可能就会害死你的战友！今天你偷懒，明天你懈怠，等真打起仗来，你怎么保护自己？怎么保护你的兄弟？”
说完，萧亮让人拿来军棍：“按照军规，偷懒者打二十军棍。今天这二十军棍，我亲自监督执行。我就是要让所有人都知道，在我萧某人手下军令如山，谁都不能例外！”
二十军棍打下来，张三疼得龇牙咧嘴，但他心里服气了。从那以后，他再也不敢偷懒，操练起来比谁都认真。
后来有人问他为什么转变这么大？他说：“萧大人打我，是为了我好。他说得对，在战场上一个疏忽就可能送命。我要好好练，将来能保住自己的命，也能保护兄弟们。”
萧亮不仅严格要求士兵，对军官的要求更高。他规定，所有军官必须和士兵一起操练，不能搞特殊。有个千总觉得这不合规矩，偷偷给萧亮递话，说军官是带兵的，不用和大头兵一起受累。
萧亮把那个千总叫来，当面训斥：“你既然是军官，就更应该以身作则！连你自己都不肯吃苦，怎么能要求士兵吃苦？将不畏死，卒不惜命，这个道理你难道不懂吗？”
说完，萧亮做了一个让所有人都震惊的决定——他亲自穿上防刺衣，和士兵们一起操练。
要知道，萧亮已经56岁了，对于古人来说，这已经是相当高龄了。可他偏偏要和年轻士兵一起跑步、练剑、骑马。刚开始的时候大家都很担心，怕他身体吃不消。但萧亮咬着牙坚持下来了，虽然累得满头大汗，却从不叫苦。
士兵们看在眼里，感动在心里。一个年轻士兵说：“萧大人都快60了，还和咱们一起受苦受累，咱们还有什么资格偷懒？”
从那以后，整个登州军营的风气焕然一新。士兵们训练起来格外卖力，军官们也不再偷奸耍滑，整支军队的战斗力以肉眼可见的速度提升着。
除了操练之外，萧亮还非常重视实战演练。他经常组织模拟战斗，让士兵们熟悉各种战术。有时候，他还会亲自扮演敌军，和士兵们对抗，从实战中发现问题，及时改正。
有一次演练，萧亮立发现士兵们在面对突然袭击时反应太慢，容易慌乱。他立刻调整训练方案，加强突发情况的应对演练。他会在士兵们休息的时候突然吹响号角，要求大家在最短时间内集合完毕；会在夜间突然发动偷袭，考验士兵们的警觉性。
刚开始的时候，士兵们经常手忙脚乱，不是找不到武器，就是列队混乱。但经过反复训练，他们的反应越来越快，配合越来越默契。后来，无论什么时候听到号角声，所有士兵都能在三分钟内全副武装、列队完毕。
陆军整顿好了，萧亮把注意力转向了海军。在他看来，要想真正守住登莱，必须建立一支强大的水师。
但建立水师谈何容易？首先是造船。当时的登州造船厂规模很小，一年最多只能造十几条小船。萧亮立决定扩建造船厂，大规模制造战船。
他从重庆请来了最好的造船工匠，参考福船、广船、沙船的优点，改建了一种新型战船。这种战船吃水浅，速度快，既适合在近海作战，又能抵御风浪。船上装配了8门火炮，火力强大。
为了加快造船速度，萧亮从各地采购木材、铁料、麻绳等原料。他还招募了大量工匠，日夜赶工。造船厂里灯火通明，锯木声、敲打声此起彼伏，一派热火朝天的景象。
仅仅3个月，第一批一百艘战船就改造好了。萧亮亲自登船检验，对工匠们的工作非常满意。他当众宣布，给每个工匠发放双倍工钱，还要给技术最好的几个工匠颁发奖状。
工匠们激动得热泪盈眶。一个老工匠说：“我造了大半辈子船，从来没遇到过这么体恤下人的官员。萧大人对我们这么好，我们一定要把船造得更好，不辜负他的期望！”
有了战船，还得有会驾驶的水兵。萧亮从沿海渔村招募了大量渔民，组建水师。这些渔民世代与海为伴，熟悉海况，天生就是当水兵的好材料。
但光会驾船还不够，还得会打仗。萧亮请来了南方有名的水战将领崔浩，专门负责训练水师。崔浩是水战名将，水战经验非常丰富。他把自己多年的经验毫无保留地传授给水兵们，教他们如何在海上排兵布阵，如何利用风向潮汐，如何进行炮火覆盖。
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