董卓伏诛，首级传示各州郡，天下为之震动。何进借此雷霆手段，威势一时无两。朝堂之上，再无人敢撄其锋。他趁机进一步整肃朝纲，以太后名义大肆封赏有功之臣，袁绍、曹操等皆加官进爵，更将胞弟何苗擢升为骠骑将军，开府仪同三司，何氏一门，贵极人臣。京畿防务，亦尽委亲信，北军五校、西园八校，皆由何进心腹将领统辖，铁桶一般。
然则，树欲静而风不止。
董卓虽死，其遗毒却如瘟疫般迅速蔓延。西凉军残部在李傕、郭汜、张济、樊稠等中层悍将带领下，并未如预期般溃散消亡，反而因其首领被杀，同仇敌忾，凝聚力更胜从前。他们退据弘农、陕县一带，收拢溃卒，联络羌胡，声势复振。李傕等人更打出“为何主报仇，清君侧，诛何进”的旗号，不断寇掠司隶周边，威胁洛阳。
与此同时，董卓之死，如同搬开了压在地方豪强头上的一块巨石。各地州郡长官、宗室、世家，见中央权威竟需倚仗外戚以如此酷烈手段维系，轻视之心渐起。加之何进为快速稳定局势，对某些曾与董卓暗通曲款或拥兵自重的势力采取了怀柔策略，未加严惩，更被视作软弱。
初平元年（公元190年）春，一场更大的风暴终于降临。
率先发难者，乃是冀州牧韩馥、勃海太守袁绍、豫州刺史孔伷、兖州刺史刘岱、河内太守王匡、陈留太守张邈、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信以及骁骑校尉曹操等十余人！这些关东（指函谷关以东）州郡长官、士族代表及实力派将领，竟联名发布檄文，历数何进“屠户贱微，窃据枢要；擅行废立，诛戮大臣（指董卓虽该死，然何进未经三司审讯便擅杀边镇重臣，视为越权）；威逼太后，把持朝政；任用私人，祸乱纲纪”等十大罪状，宣称“何进不道，人神同愤”，共推勃海太守袁绍为盟主，起兵数十万，号称“百万”，西向洛阳，欲“清君侧，安社稷”！
关东联军声势浩大，旌旗辎重，千里不绝。消息传至洛阳，举朝震惊。何进闻报，又惊又怒，他万没想到，昔日在自己面前慷慨激昂、共诛宦官的袁绍、曹操，转眼竟成了讨伐自己的急先锋！
“袁本初！曹孟德！安敢如此！”何进在府中暴怒，将案几掀翻，“吾待彼等不满，授以高官厚禄，彼等竟以怨报德，勾结外藩，反噬朝廷！”
幕僚皆面色凝重。主簿陈琳谏道：“大将军息怒！关东联军虽众，然各怀异心，袁本初初登盟主之位，未必能如臂使指。当务之急，乃固守洛阳，挫其锐气，再分化瓦解，或可破之。”
何苗却忧心忡忡：“兄长，联军势大，且……且檄文中提及擅杀董卓、威逼太后等事，恐惑乱天下人心。是否……是否当遣使与袁本初等人解释，稍作安抚？”
“解释？安抚？”何进眼神冰冷，“彼等刀兵已动，岂是口舌所能化解？此乃欲夺我权柄，覆我何氏！唯有死战耳！”
他深知已无退路，立刻调兵遣将。令何苗总督洛阳防务，亲率北军精锐，布防于洛阳以东的成皋、荥阳、偃师等险要关隘，以大将军府长史王匡（与河内太守王匡非一人）为先锋，据守虎牢关，意图凭借地利，阻挡联军兵锋。
然而，战局伊始，便对何进不利。
关东联军虽各有算盘，但在“共讨何进”这面旗帜下，初期攻势甚猛。尤其是曹操，率其麾下新练之兵，骁勇善战，连破何进军数处营寨。而更让何进措手不及的是内部生变！
一直对何进重用袁绍、曹操等士人心怀不满，且与何进亦有权力之争的骠骑将军何苗，在巨大压力及某些暗中往来（或有联军说客）的影响下，竟于阵前动摇，其部属作战不力，致使虎牢关外第一道防线被曹操突破，王匡战死。
消息传回，何进又惊又怒，急调袁绍旧部（已被他分散收编）前往增援，却引发军中猜疑，士气低落。西凉李傕、郭汜等人见关东兵起，亦趁机自西面猛攻函谷关，何进腹背受敌，兵力捉襟见肘。
与此同时，联军檄文的效果开始显现。各地郡国观望者，见何进应对吃力，纷纷或明或暗倒向联军。甚至洛阳城内，亦开始流传“何进将败”、“大将军德不配位，故有天罚”等流言，人心浮动。
一日深夜，何进独坐军帐，灯下观览战报，皆是损兵折将、关隘告急之讯。他抚额长叹，一股前所未有的疲惫与无力感席卷全身。诛宦官、杀董卓，他看似赢了每一场战斗，却仿佛一步步输掉了整个天下。他以为手握重兵，掌控朝堂，便可高枕无忧，却不知这权力大厦，根基早已被蛀空。
“莫非……莫非这大汉气数，真将尽于吾手？”他望着摇曳的烛火，眼中首次流露出茫然与恐惧。
帐外，忽然传来一阵急促的脚步声和兵器碰撞之声，夹杂着呵斥与惨叫。
何进猛地警觉，按剑而起：“帐外何事喧哗！”
只见一名浑身浴血的亲兵踉跄闯入，嘶声道：“大将军！不好了！骠骑将军（何苗）部将吴匡，联合部分北军将领，以为王匡报仇、清君侧为名，突然作乱，已杀向中军大帐来了！”
何进脑中“嗡”的一声，如遭雷击！内乱！在这最关键的时刻，他最信任的弟弟麾下，竟然发生了内乱！
“何苗呢？！何苗何在！”他厉声喝问。
“骠骑将军……骠骑将军已被乱军裹挟，不知所踪！”
何进眼前一黑，几乎栽倒。他强撑着拔出宝剑，怒吼道：“备马！随我平乱！”
然而，当他冲出大帐，只见营中火光四起，杀声震天，乱军与忠于他的部队已混战成一团，局面彻底失控。远处，关东联军的营火如同繁星，虎视眈眈。西面，西凉军的号角声隐约可闻。
这一刻，何进终于明白，他苦心经营的权柄，在这天下大势与内部倾轧的洪流中，是何等的脆弱。他诛杀了眼前的猛虎，却放出了更多的豺狼，最终引火烧身，将这四百年大汉江山，推向了万劫不复的深渊。
夜色浓稠，杀机凛冽。何进持剑立于乱军之中，身影在火光映照下，显得格外孤独与悲凉。他的命运，乃至整个帝国的命运，似乎都已能看到那血色的终章。