太尉陈显达因为自己是齐高帝、齐武帝的旧将，所以在明帝时期心存畏惧，自己可着劲地贬损自己，经常乘坐一辆破破烂烂的车子，出外时雇佣的仪仗队也只有又弱又小的十多个人。他多次向齐明帝萧鸾申请辞官，但未得到批准。齐明帝萧鸾临死前，下达遗诏说：“军政大事可以委托于太尉陈显达。”此时，陈显达已年近七十，虽然被指定为辅政大臣，但他不愿留在京城，被派做江州刺史，他十分高兴。陈显达听到昏君萧宝卷诛杀了徐孝嗣、沈文季等多名大臣后，又听人传说朝廷肯定要派兵来袭击江州。这让陈显达感觉到大祸临头，出于自保，他准备造反了。
公元499年11月15日，陈显达在寻阳起兵反叛。他命长史庚弘远等人给朝廷中的新贵们送去一封信，信中列举了昏君萧宝卷的滔天罪恶，并且说道：“准备拥立建安王萧宝寅【齐明帝萧鸾第六子】为皇帝，等到把昏君除掉，就西迎建安王登基。”
萧宝卷任命护军将军崔慧景为平南将军，率领各路军队攻打陈显达。后军将军胡松、骁骑将军李叔献统领水军占据梁山。左卫将军左兴盛率先锋部队驻扎在杜姥宅。
12月13日，陈显达率部队到达了新林。萧宝卷的将领左兴盛率领军队抵挡陈显达的军队。陈显达为了迷惑对方，在长江岸边设置了许多火堆，夜间率领部队偷偷渡过秦淮河，去袭击宫城。14日，陈显达率领数千人登上落星冈。驻守在新亭的朝廷各路军队得到消息，撒腿往回跑，宫城里的守城部队大为惊恐，只好关闭城门固守。陈显达老当益壮，骑马执槊，带领几千名步兵，与朝廷军队开战。陈显达大胜，亲手斩杀好几人，但不幸的是手中的塑折断了。这时，朝廷军队又返回杀过来，陈显达抵挡不住，只好逃跑。陈显达逃到西州之后，在后面追赶的朝廷骑兵将领赵潭用手中的槊投刺他，陈显达被槊刺中坠落马下，被赵潭斩首。陈显达的几个儿子也都被杀。
萧宝卷平定了陈显达的叛乱后，更加骄横恣意了。他开始喜欢出宫游玩，但又不想让人们看见，每次外出，总是事先命人把所要经过地方居住的人赶走，只留下空房子。他出游时，先让尉司敲着鼓沿途走一大圈，居民们听到鼓声，就像来了土匪一样，立即跑开，有的连衣服和鞋都来不及穿好，违反禁令者就被诛杀。一个月之内，萧宝卷要出宫20多次，弄得鼓声四起，火光照天，幡仪兵戟横路。这时，士人、民众们喧叫奔路，前后相随，老人小孩惊慌失措，哭喊声一片，拥挤在路上，但是处处禁止通行，人们都不知道何处可以通行。
昏君萧宝卷搞得四方的民众无法从业，连去打柴、割草都无路可行，红白喜事不能按时进行，一些孕妇不能把孩子生在家里，甚至有的人抱病躲逃，结果死在路上，不能得到安葬。萧宝卷还命人在小巷及田间小道上悬挂起布幔作为屏障，并且派人手持兵器把守，称为“屏除”，也叫做“长围”。有一次，昏君萧宝卷来到沈公城，有一个妇女因临产而没有躲逃。萧宝卷于是命人用刀剖开产妇的腹部，看一看是男孩还是女孩。这名产妇与婴儿当场死亡。又有一次，萧宝卷来到定林寺。有一个老和尚因年老患病无法躲逃，于是藏在草丛中。萧宝卷发现后，命随从用箭射老和尚，百名弓箭手一齐发射，把老和尚射得如同刺猬一般，当场毙命。
萧宝卷臂力过大，能拉开三斛五斗力的大弓。他还喜好顶方，用石头制成的高七丈五尺的白虎，放在牙齿上顶着，把牙齿折断了还没玩够。他自己还制作了顶器械，表演时穿上金玉装饰的服装，侍卫们站立两侧。他使出各种技能把戏，从来不感到不好意思。萧宝卷跟着东冶兵营的骑兵学习骑马的技能，经常穿着编织的衣裤，不穿外服，头戴薄金制成的帽子，手持七宝槊，冒着大雪，遇到陷坑也不躲避，一跃而过。他纵马驰骋得渴了，就从马背上下来，解下腰侧挂的马勺，在河沟内舀上一勺水，猛喝一通，又翻身上马狂奔而去。萧宝卷又筛选了善于长跑的无赖痞子五百名，成为“逐马左右”。他经常打马在前狂奔，让这五百人紧随马后。萧宝卷还经常到自己亲近宠信的人家中玩耍，从这家转悠到那家，能转遍全城。他有时去郊外射野鸡，布置了射野鸡的场地二百九十六处，奔走往来，从一处到另一处，忙个不停。他有时带领侍从们到田野里挖田鼠，从早晨一直挖到傍晚。侍从们都累得精疲力尽，他却丝毫不感觉累。
永元二年【公元500年】正月初一，按照礼制，皇帝应在拂晓【天刚亮】时，端坐在太极殿的宝座上，接受满朝文武的朝贺。萧宝卷在除夕之夜与侍从们玩了个通宵，把接受大臣朝贺之事忘在脑后。天曚曚亮时，他钻进被窝呼呼大睡起来，一直睡到下午5点。满朝文武都知道大年初一是新的一年最重要的日子，三更时便起床，天刚曚曚亮，都赶到了宫城的正门外等候。城门一开，大臣们便前往太极殿朝贺皇上。从凌晨5点一直到下午5点，文武百官们站着等待皇帝前来，都站得腰腿僵直，很多人无法坚持而倒在地上，一个个肚子饿的咕咕直叫。这时，萧宝卷才揉着眼睛来到太极殿，朝贺之礼刚一完毕，就立即回到后宫玩耍起来。大臣们只好走出大殿，赶紧回家吃饭。
豫州刺史裴叔业得知萧宝卷多次诛杀大臣，心里十分恐慌不安，于是，派人带着降书去投降北魏。正月初七，北魏朝廷派遣骠骑大将军、彭城王元勰和车骑大将军王肃率领步、骑兵十万人来到寿阳受降，任命裴叔业为使节、都督豫、雍等五州诸军事、征南将军、豫州刺史，并封他为兰陵郡公。
正月30日，萧宝卷下达诏令讨伐裴叔业。2月16日，萧宝卷任命卫尉萧懿为豫州刺史。2月28日，北魏朝廷命彭城王元勰坐镇寿阳。
3月15日，萧宝卷派遣平西将军崔慧景统率水军攻打寿阳。豫州刺史萧懿率领步兵3万人屯驻在小岘，协助崔慧景攻打寿阳。
崔慧景也是一员老将，他看到昏君萧宝卷将朝中重臣一个个诛杀，心里也十分恐惧不安，预料自己迟早会被昏君诛杀，于是寻找着机会废黜萧宝卷。这次萧宝卷命崔慧景率领水军攻打寿阳，崔慧景心中暗喜。
崔慧景从建康出征时，他的儿子崔觉担任直将军，于是，父子俩便秘密地约定要发动政变。崔慧景率兵过了广陵几十里之后，召集各位将领开会，对大家说：“我承受前面三代皇帝的厚恩，担负着明帝死前所托付的重任。现在年幼的皇帝昏庸狂妄，搞得朝政败坏、一片混乱，国家危难能否匡扶，责任就在今天。所以，我要同诸位共同建立大功伟业，以便安定社稷江山，不知诸位意下如何？”众人都一致响应。于是，崔慧景挥师返回广陵，司马崔恭祖驻守广陵城，大开城门，迎接崔慧景进城。
萧宝卷听到崔慧景起兵造反的消息后，十分震惊，授予右卫将军左兴盛符节，命他率领建康水陆各军讨伐崔慧景。崔慧景在广陵休整军队后，便率军队渡过长江进逼建康。
此时，江夏王萧宝玄【齐明帝萧鸾第三子，萧宝卷的同母弟弟】前往京口担任南徐州和兖州刺史，崔慧景派遣使者前往京口去拜见萧宝玄，表示要拥立他为帝。萧宝玄斩杀了前去的使者，并且发动将士们守城。萧宝卷也派人协助萧宝玄守卫京口。崔慧景将要渡江时，萧宝玄秘密派人与他联络，答应与他合作。萧宝玄杀死了萧宝卷派来的人，打开城门迎接崔慧景，并让长史沈佚之调配布置军队。萧宝玄乘坐着八抬大轿，手持绛红色指挥旗，随着崔慧景向健康进发。
萧宝卷得到消息，急忙派遣骁骑将军张佛护、直将军徐元称等6位将领率兵抵御崔慧景的义军，结果被崔慧景的义军打得惨败。张佛护被斩杀，徐元称投降，其余4个将领都被战死。萧宝卷派遣中领军王莹统领各路军马依据湖头修筑堡垒，同时上连蒋山、西岩一带布置兵力数万人。崔慧景采纳了手下人万副儿的建议，分派一千多人，一个紧随一个，鱼贯而上山，夜间从西岩而下，击鼓呐喊，朝廷军队大为吃惊，四处逃散。萧宝卷又派遣右卫将军左兴盛率领台城内的兵士3万人，在北篱门抵挡崔慧景的军队，但还未交战，左兴盛就望风而逃。
崔慧景率兵挺进了乐游苑，他的得力干将崔恭祖率领轻骑兵10多人突进北掖门，然后又退了出来。由于宫门都关闭，崔慧景率领军队包围了宫城。这时，东府、石头、白下、新亭的军队都已经溃散。左兴盛退逃，无法进入宫城，只好逃进秦淮河边芦苇丛中的船里躲藏起来，被崔慧景的士兵擒获并斩杀。
崔慧景命人将御史台府署烧毁，开辟为战场，且以宣德太后【萧昭业的母亲】的名义发令，将昏君萧宝卷废为吴王。
崔恭祖劝说崔慧景用带火的箭射烧北掖楼，但崔慧景却认为大功即将告成，以后若要重新修建，需要花很多人力物力，所以不予听从。崔慧景爱好谈论义理，又精通佛学。他停留在某个寺院内，对着客人高谈阔论。崔恭祖对他深怀不满。
此时，豫州刺史萧懿率兵驻扎在小岘，萧宝卷派人出城告诉他前来保驾。萧懿立即率领几千人马从采石渡过长江，驻扎在越城，然后点燃起大火。台城内的人们见到火光，知道救兵来了，高兴得打鼓欢叫。在这之前，崔恭祖劝说崔慧景派遣两千人马抵挡长江西岸的兵马，使萧懿不能渡江。然而，崔慧景却认为台城早晚会投降，长江西岸援兵自然会散去，所以不予采纳。在这时，崔恭祖请求率兵攻击萧懿的部队，崔慧景还是不同意，只派遣自己的儿子崔觉率领几千精兵渡过秦淮河到达南岸。萧懿的军队在天快亮时发起进攻，士兵们都英勇死战，崔觉被打得一败涂地，士兵跳进秦淮河里淹死的有两千多人。崔觉单人匹马逃退，命人拉起朱雀桥上的浮桥，用秦淮河阻挡萧懿的军队。崔恭祖掠抢的东宫宫女，被崔觉抢夺过来。崔恭祖气愤难忍，于是在这天夜里，与崔慧景的勇将刘灵运来到台城内投降。至此，众心离散、战斗力大减。
崔慧景失去了左膀右臂，知道无法取胜。四月初四，他带领几位心腹人偷偷离去，想北渡长江。城北的各路军马尚不知道还在拒战，台城内的兵马冲杀出来，杀死了数百人。萧懿的军队渡过秦淮河到达北岸，崔慧景余下的部队望风而逃。崔慧景围困了宫城【也叫台城】12天，最后失败而逃。跟随他的人在道路上逐渐逃走，最后他成了光杆司令，单人匹马逃到蟹浦，被打鱼人斩首，把他的脑袋放在装鱼的篮子里，挑着送到健康，献给朝廷。